关于天生武器的相关规则可以看一下chm-规则-怪物规则-通用怪物规则，那里面对天生武器有比较详细的描述，我这边引用了过来
天生武器 (Natural Attacks)：大多数生物拥有一个或多个天生武器 (不适用武器进行攻击)。这种武器分成两类，主要武器和次要武器。主要武器使用该生物的全部 BAB 攻击，并且伤害加上力量修正。次要武器使用该生物的 BAB –5 攻击，并且伤害只有力量修正的一半。如果该生物只有一个天生武器，那么它总是使用其全部 BAB 攻击，并且伤害附加 1.5 倍力量修正。此加值不能应用于生物有多种天武，但只攻击一次的情况。如果生物只有一种天生武器，但是又可以每轮攻击多次，那么此武器无论是什么类型都视为主要武器。
一些生物的一种或者多种武器会有差异，比如龙的啮咬攻击总是附带 1.5 倍力量修正。这种情况会在生物的描述中给出。
生物可以在全力攻击中同时使用人造武器和天生武器 (尽管生物经常会因为其中一只手臂持握武器而放弃一次天生武器攻击，例如爪抓、触手或挥击)。这样的攻击使生物可以正常使用武器，但是不论生物天生武器原本是何类型都会将其视为次要武器。
那么针对你的问题，
1. 召唤师的幻灵如果我都选择主要天生武器的话全回合攻击时依然会有-5bab的减值吗答案是否定的，主天武全回合就是满BAB，每下都是
2. 那我的幻灵如果都拿主要天生武器像是抓爪和尾刺和啃咬还有这些减值吗？答案是没有减值，原因如上方引用所说，结论同1的回答
3.是不是我在攻击时只能有一个主要天生武器然后其他天生武器都会变成次要的？答案是否定的，主天武变成副天武，只会出现在一些特殊情况下，例如你幻灵拿着人造武器攻击，此时他其他的天武都变成了副的
或者像是变形者的职业能力，可以让一个天武获得因为BAB多出来的攻击，此时也会导致其他天武变成副的
变形者之怒（Shifter’s Fury，Ex）：6级起，变形者获得以同一天生武器使出狂野连击的能力。变形者能选择单一天生武器来进行全回合攻击，以取代以所有天武进行攻击，如此获得如同人工武器般-5AB的第2次攻击。当她以此方式进行攻击时，她的其他天生武器视为次要天生武器而且无法获得变形者利爪能力的好处。11级起，她获得-10AB的第3次攻击。16级起，她获得-15AB的第4次攻击。
最后可以总结一下方便你理解，天武和PF里面人造武器（包括徒手）那些是两条不同的规则线路，你有多少个天武都可以在全回合中一起糊到对面脸上，仅会因为这些天武是主的或者次的来选择不同的BAB
假设你弄了个蜈蚣幻灵10个爪子（打比方，正常情况下没这么多点数），也是满BAB的10次
假设你弄了个12翼大天使幻灵（同样只是打比方，正常情况下不能拿这么多），就全是-5BAB的12次攻击
假设你弄了个常规的2爪子1咬1撞2翅膀幻灵，那就是4下满BAB（2爪1咬1撞）和2下-5BAB（2翅膀）
这时候你就会非常想要拥有一个猛扑能力~哈哈哈哈
