我认为，如果你特别在意比较真实的逻辑的话，那传统地城对你而言是运作不了的，因为它……就是无法完全按比较现实的逻辑解释的，冒险者战斗一旦发出动静就不可能不引来很多人，历来都是采取少量解释+大量都合主义蒙混过关的做法。
1.矿坑的克拉摩堡（地精巢穴），属于敌人据点型，按理说，如果岗哨位置长时间没声音，或者隔壁吵吵嚷嚷的房间突然没人了，或者陷阱触发了，再笨的敌人此时都应该知道家里进贼了，或者至少派岗哨去看一眼，除非pl足智多谋蒙混过关（感觉很难），否则剧情上应该马上导致整个地城的敌对，敌人要么趁休息时进攻，要么加强防备设伏突袭，但这好像又和“休息恢复玩家资源”这一目的冲突，这样执行固然合情合理，但总有一种：dm现在给你甜头是为了之后更好地折磨你，休了恢复的资源还没有敌人加强的多的感觉。
对于这种情况，我认为正常情况下无法休息才是合理的。“创造休息的条件”应当也是PC们需要面对的挑战的一环，我个人是认同TRPG中的挑战并不该完全局限于有平衡的战斗。事实上，这很有可能让PC们觉得游戏更好玩，因为加入了一些新的挑战模式。
至于具体的可行方法，你说很难，我觉得没有那么难，我觉得，不要把你的玩家们想得太傻，这样很容易真的让他们被箍死。如果玩家们有时候确实没想到宕机了，你可以提示一些你有想好的办法。
比如找到某个无人的隐蔽点：地窖、暗门、酒窖之类的。比如使用魔宠、幻术等等引开别人的注意力等。再比如老生常谈的魔绳术……这让玩家们可以感受到他们准备的非战斗法术和物品等等也是确实有用的，鼓励你的玩家发挥才智！
2.哈欠门的末日穹顶，属于区域探索型，没有成聚落有组织的敌人，遭遇分散在各自的房间。但是这种地城好像通常都会设定一些规则，比如每小时骰一个遭遇，或每待xx小时力竭+1，或剧情上npc被抓走了需要尽快救出，或某个邪恶仪式正在进行中。作为dm当然可以放玩家长短休并且不会因此设定什么负面影响，但站在玩家侧，玩家可能就会觉得自己一旦没那么积极，人质可能就会被杀/邪恶仪式就会提前完成，而dm如果直接跟玩家说：没事，你短休或者长休也不会导致剧情加速推进的，这样容易消解紧张感，让玩家脱出主线开始搞探索收集。这些都让玩家感觉“多待一刻可能就有坏事发生”进而选择接着探索。
对于这种情况，我的建议是确实让时间变得重要。当然，你也可以搞那种量子触发式的，这一定程度上是风格问题，但各自的优劣你自己也有想到了。还是那句话，别把你的玩家想得太傻，如果你准备了一张安全网，让他们怎么搞都能“通关”，那他们会真的依赖这张安全网变傻。你应该设置确实有威胁的挑战，如果PC们没能应对就确实会发生坏结局，但另一方面，你也要努力帮助PC们去应对（但不要代替他们应对，更不要修改威胁让它消失！），听上去好像有点“双重思想”，但是这确实行之有效。
从剧情出发，pc们的休息拉长时间常常导致之后的战斗变难，似乎有违休息恢复的本意
事实上，如果剧情上有时间限制，那么休息本身就已经不是最佳策略，DM有责任提示玩家这一点，并且鼓励他们尽量节省资源来应对战斗。至于这一点怎么做到，简单来说是请不要把战斗看成棋局（战斗如战争），详细的话请看团力区的愤怒GM遭遇战系列。
而从调控玩家资源让他们得以通关的目的出发，又很容易让玩家失去那种沉浸感和紧张感。
你说得对，所以不要这么干就好了。
控制资源不是你的工作，是玩家们的工作，是他们要想办法面对这个游戏挑战。
当然，你的玩家有可能是那种并不喜欢玩资源管理的。那也很简单……换个游戏？或者至少不带他们玩地城风格的模组。而如果你真的很喜欢玩地城和资源管理，而你的玩家们无法接受，那就得换一桌了。
